胡藩字道序，豫章南昌人。少年时成为孤儿，居丧以哀伤闻名。太守韩伯见了他，对胡藩的叔叔尚书胡少广说：“您的这个侄子一定会以义烈成名。”州府征召，他不去上任，等二弟加冠结婚完毕，才到郗恢的军幕中担任参谋。当时殷仲堪为荆州刺史，胡藩的妻兄罗企生是殷仲堪的参军。胡藩从江陵经过，去看望罗企生，从而劝说殷仲堪说：“桓玄的意趣没有常性，您对他的崇信太过分了，不是迎接未来的好方法。”殷仲堪很不高兴。胡藩下来后对罗企生说：“倒过戈柄来交给别人，必定会导致大祸，如果不早早离开，后悔就来不及了。”后来桓玄从夏口袭击殷仲堪，胡藩参谋殷仲堪后军军事。殷仲堪失败，罗企生果然因为跟从他而遭了祸患。
胡藩转换职务为太尉大将军相国参谋军事。宋武帝起兵，桓玄战败将要逃跑。胡藩拉着马缰说：“现在羽林军的射手还有八百人，都是过去西部的义兵，一旦舍弃他们，再想回归难道还能做得到吗？”桓玄只是用鞭子指着天空。从此奔逃，互相失散，后来他在芜湖追上了桓玄。桓玄见了胡藩，高兴地对张须无说：“您这一州总是多出士人，今天又见到了王修。”桑落失败后，胡藩的军舰被烧毁，他穿着铠甲跳入水中，潜泳了三十来步，才得以登岸。于是回到了家中。
武帝平时听说胡藩对殷仲堪直言劝告，又为桓玄尽节，便召聘他到本镇军中参谋军事。跟随征讨慕容超，慕容超的军队屯聚在临朐。胡藩告诉武帝说：“贼军屯兵城外，留守部队必然很少，现在前往攻取他的城池而斩断他的旗帜，这便是韩信战胜赵军的办法。”武帝便派檀韶与胡藩秘密前往，于是攻克了此城。贼军见城池陷落，立即逃走，退军去保广固。武帝又把它包围起来，将要攻下的那天夜里，忽然有一只鸟像鹅一样大，青黑色，飞入武帝帐幕中。众人都认为不祥。胡藩庆贺说：“青黑，是胡虏的颜色。胡虏归我，大吉大祥。”第二天早晨攻城，城被攻陷。他跟随征讨卢循到达左里，屡战有功，被封为吴平县五等子。
不久任命为鄱阳太守，跟随讨伐刘毅。起初，刘毅要去荆州，上表请求绕道东部回建邺辞别陵墓。离都城还有几十里，没再前行，面向宫阙叩拜。武帝前往倪塘会见刘毅，胡藩请求把他杀掉，便对武帝说：“您认为刘卫军在您以下么？”武帝说：“您以为怎样？”他说：“要论豁达大度，功高天下，聚集百万之众，合乎天人愿望，刘毅当然应该佩服您。至于涉猎记传，吟咏谈说，自许为雄杰，进行夸口，官绅白面之士，纷纷投归，在这方面刘毅就不肯在您之下了。”武帝说：“我与刘毅都有克复的功劳，他的罪过还没有彰显，不可以自相图谋。”到了现在，又对胡藩说：“以前如果听从了你在倪塘的计谋，就不需要有今天的行动了。”
他又跟随征讨司马休之，做了参军。徐逵之败亡，武帝非常生气，当天就在马头岸渡江。江津岸边峭壁千丈，司马休之临岸布阵，无法攀登。
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